教堂的另外一个重点是彩色玻璃,在教堂内的彩色玻璃都非常特别,用玻璃制作图像台凸显出圣经里的人物或是故事,如为基督教徒会被这里的彩色玻璃所吸引,在教堂内部总共有56个玻璃窗,31个圆形的玫瑰图案以及25个彩色幅彩色玻璃窗的精美图案,但是在这56个玻璃窗只有4个是最完整无瑕的,其它的玻璃窗都是在1949-1951由当地主教的居民进行一些整修,而这些彩色玻璃窗都是由法国沙特尔省的LorinFirm所制造。
沙特尔大教堂的玻璃装饰是哥特式的典型,彩绘玻璃极大地增强了教堂建筑的和谐与神秘的效果,也是至今保存得最完整的彩绘玻璃画之一,以深蓝和深红为基本色调,内射入一道紫色的光
爱德华时代的日光浴室建筑的特点是高大的尖顶、尖顶的拱门、平顶日光浴室的大窗户,以及绘有圣经故事的彩色玻璃窗。设计采用尖肋拱顶、飞扶壁、细长横梁,营造出轻盈纤细的飞翔感。新的框架结构增加了顶部支撑的强度,使整个建筑在教堂内笔直、雄伟、空旷。结合镶嵌有彩色玻璃的长窗,在教堂内营造出浓厚的宗教氛围。教堂的平面图基本相同。拉丁十字架,但在西门两侧增加了一对塔楼。
彩色玻璃爱德华大厦逐渐取消了门廊和弯曲的阳光房走廊,并增加了侧廊窗户的面积,直到整个教堂采用了大规模的一排窗户。这些窗户又高又大,几乎承担了墙的功能。并利用阿拉伯国家的彩色玻璃工艺,创作出丰富多彩的宗教故事,起到了向文盲传播教义的作用,也有很高的艺术成就。彩色玻璃主要是红色和蓝色。蓝色象征天国,红色象征基督的宝血。窗棂的施工工艺非常精细复杂。细长的窗称为“柳窗”,圆的称为“玫瑰窗”。彩色玻璃在教堂内部营造出神秘而壮丽的景象,一改罗马式建筑因光线不足而沉闷沉闷的景象,表达了人们内心对天堂的向往。
这些彩色玻璃花窗是世界上保存最完整、最典型的中世纪彩色玻璃杰作。围绕着圣经故事,这些花窗描绘出近五千个拜占庭风格的人物,它使整个大教堂成为“一座彩色玻璃博物馆”。