12世纪，人们发现在玻璃里添加各种金属或者盐类，会让玻璃呈现出不同的颜色，彩色玻璃诞生了。在那个时代，彩色玻璃主要被用来制造教堂里的装饰玻璃，去欧洲旅行，可以看到几乎所有的教堂都用美丽的彩色玻璃装扮起来。
若是再往前溯源，在欧洲12、13世纪哥特式教堂里，这种彩绘玻璃花窗已经是很惊艳的装饰了，甚至还被誉为「上帝之光」。
古代埃及和罗马人都擅长制造小型的彩色玻璃制品。古代腓尼基在玻璃制造业中也占有重要地位，其中心产地是西顿和安条克等地。在公元4-5世纪的早期基督教教堂中，一些木质窗框中镶嵌有经雕琢过的雪花石膏，类似玻璃般的效果。公元7世纪，英国的教堂和修道院已经出现了彩绘玻璃窗。公元675年，圣本笃·波斯哥［］从法国引进工匠，为在芒克威尔茅斯建造的圣彼得修道院窗户进行着色。公元8世纪以后，伊斯兰世界的一些清真寺和公共空间也开始以彩色玻璃装饰，基本以纯粹的几何设计为主，包含花卉和文字图案，不表现人物形象和宗教偶像。
早期花窗玻璃多以圣经故事为内容，以光线配合图案的效果感动信徒。而一些教会所在地本地的传说和神话，也会进入其主题之中。近代以来，花窗玻璃彩色玻璃不仅出现在教堂，也在许多一般建筑、室内空间、产品中获得应用。